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      生物資訊

      蘇州大學(xué)利用TALEN技術(shù)研究斑馬魚生物鐘

      作者:admin 來源:JBC 發(fā)布時間: 2014-12-31 08:17  瀏覽次數(shù):
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       JBC:蘇州大學(xué)利用TALEN技術(shù)研究斑馬魚生物鐘

      2014年12月28日,蘇州大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與生物科學(xué)學(xué)院王晗課題組,在國際著名學(xué)術(shù)期刊《Journal of BioLogical Chemistry》發(fā)表一項最新研究成果,題為“The zebrafish Period2 protein positively regulates the circadian clock through mediation of RAR-related orphan receptor alpha (Rorα)”。 在這項研究中,研究人員利用TALEN技術(shù),成功制備了兩種斑馬魚per2無效突變體,闡明了Per2在斑馬魚生物鐘中的基本功能,并為PER2在脊椎動物晝夜節(jié)律系統(tǒng)中的積極作用,提供了關(guān)鍵的證據(jù)。

      本文通訊作者為蘇州大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與生物科學(xué)學(xué)院博士生導(dǎo)師、特聘教授王晗,其本科畢業(yè)于安徽大學(xué),獲中科院碩士學(xué)位,美國韋恩州立大學(xué)博士學(xué)位,曾在美國佐治亞醫(yī)學(xué)院、俄勒岡大學(xué)和俄克拉荷馬大學(xué)從事博士后研究和助理教授,2009年至今,任蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與生物科學(xué)學(xué)院特聘教授、國家重大研究計劃項目首席科學(xué)家。主要研究方向?yàn)樯镧姺肿舆z傳和基因組調(diào)控機(jī)制、生物鐘對生殖和發(fā)育的影響、生物鐘進(jìn)化的分子遺傳和基因組機(jī)制等領(lǐng)域,曾在Nature Genetics、Development、Evolution和Journal of molecular Evolution等雜志發(fā)表40余篇學(xué)術(shù)論文。

      生物鐘,從生物對地球上光/暗周期長期和持久的適應(yīng)進(jìn)化而來,可以被當(dāng)?shù)丨h(huán)境因素(例如光、甚至食物)復(fù)位和同步,可以在大約24小時的一段時間內(nèi)調(diào)節(jié)行為和生理學(xué)。在幾種生物(包括藍(lán)藻、粗糙脈孢菌、黑腹果蠅和小鼠)中進(jìn)行的一系列遺傳和生化研究,已經(jīng)確定了晝夜節(jié)律調(diào)控的分子遺傳機(jī)制。

      斑馬魚(Danio rerio)是研究生物鐘的一種極好模型,具有與果蠅和哺乳動物類似的晝夜節(jié)律調(diào)控組件。光照和溫度是斑馬魚關(guān)鍵的夾帶生物鐘因素,特別是,斑馬魚外周組織可以直接響應(yīng)光信號,產(chǎn)生節(jié)律性。

      兩個光受體(Tmt視蛋白和Opsin4.1),已被證明對于斑馬魚外周生物鐘的光夾帶至關(guān)重要。此外,光可以調(diào)控生物鐘,對斑馬魚的細(xì)胞周期和DNA損傷修復(fù)產(chǎn)生影響。盡管轉(zhuǎn)錄/翻譯為基礎(chǔ)的回路也被認(rèn)為在斑馬魚中起作用,但是斑馬魚和哺乳動物之間的晝夜節(jié)律調(diào)控存在顯著的差異。

      哺乳動物Period2作為晝夜節(jié)律鐘的一個典型組分,在晝夜節(jié)律、睡眠、代謝和致癌作用中起著重要的作用。在人類當(dāng)中,一個PER2錯義突變通過CK1δ廢止磷酸化作用,并導(dǎo)致家族性睡眠期綜合征(fasPS)。小鼠Per2是一個光反應(yīng)基因,其在視交叉上核(SCN)中的晝夜節(jié)律時相和表達(dá)振幅,可根據(jù)不同的光/暗周期而有所改變。

      斑馬魚Per2也是一個光調(diào)節(jié)基因,在恒定黑暗條件下它的表達(dá)顯著減弱。利用轉(zhuǎn)基因魚和穩(wěn)定轉(zhuǎn)染的細(xì)胞系分析方法,研究人員確定了一種由Per2中D-baox和E-box基序組成的光響應(yīng)模板(LRM)。此外,斑馬魚per2是生物鐘控制的aanat2表達(dá)、編碼褪黑素合成限速酶所必需的。

      盡管所有這些重要的研究進(jìn)展都與斑馬魚per2有關(guān),但是斑馬魚per2沒有酶原穩(wěn)定的遺傳突變,這對于確定其在斑馬魚生物鐘調(diào)控以及其他生命過程中的作用非常關(guān)鍵。

      最近,基因組編輯工具鋅指核酸酶(ZFN)、轉(zhuǎn)錄激活樣效應(yīng)物核酸酶(TALEN)和CRISPR/Cas9已被發(fā)展用以產(chǎn)生位點(diǎn)特異性的DNA雙鏈斷裂(DSBs),可觸發(fā)內(nèi)源性非同源末端連接(NHEJ)DNA修復(fù)途徑,以誘導(dǎo)許多物種(包括斑馬魚)中靶基因的插入缺失突變。

      在這項研究中,研究人員利用TALEN成功制備了兩種per2無效突變體(null mutant;由于大片段插入、缺失或重排而導(dǎo)致基因產(chǎn)物完全無效)斑馬魚。運(yùn)動實(shí)驗(yàn)表明,Per2突變體斑馬魚在LD(光-暗)條件下和DD(持續(xù)黑暗)條件下2小時的相位延遲,表現(xiàn)出活動減少,實(shí)時定量PCR分析表明,在per2突變斑馬魚中,cry1aa、cry1ba、cry1bb和aanat2基因表達(dá)上調(diào),但是per1b、per3和bmal1b基因表達(dá)下調(diào),從而表明Per2對于斑馬魚生物鐘是必不可少的。熒光素酶報告基因分析表明,Per2可通過E-box抑制aanat2表達(dá),并通過RORE增強(qiáng)bmal1b表達(dá),從而說明Per2在斑馬魚生物鐘中起著雙重作用。細(xì)胞轉(zhuǎn)染和co-IP試驗(yàn)表明,Per2可通過與orphan核受體Rorα結(jié)合,增強(qiáng)bmal1b的表達(dá)。

      該研究還確定,PER2在Bmal1表達(dá)中的積極作用,從斑馬魚到小鼠都是保守的,差異在于,斑馬魚的Per2可通過與Rorα(而不是Rev-erbα)結(jié)合增強(qiáng)bmal1b表達(dá),而小鼠PER2對Baml1表達(dá)的增強(qiáng)作用,仍然需要RORα介導(dǎo),即使它與REV-ERBα(而不是RORα)結(jié)合。此外,斑馬魚Per2似乎在許多外周器官中有特異性的調(diào)控作用。

      總而言之,這些結(jié)果有助于闡明Per2在斑馬魚生物鐘中的基本功能,并為PER2在脊椎動物晝夜節(jié)律系統(tǒng)中的積極作用,提供了關(guān)鍵的證據(jù)。

       

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