石斑魚虹彩病毒編碼的miRNA研究取得進展
中科院海洋生物資源可持續(xù)利用重點實驗室（依托于南海海洋研究所）秦啟偉研究員領(lǐng)導(dǎo)的團隊，在海洋病毒編碼的miRNA研究方面取得突破性進展。團隊成員閆陽博士等首次鑒定并驗證了一種新的海洋病毒——石斑魚虹彩病毒能夠編碼功能性miRNA。研究成果已于近日發(fā)表在國際知名的綜合類學(xué)術(shù)期刊《公共科學(xué)圖書館—綜合》（Yan ,et al. 2011. Identification of a Novel Marine Fish Virus, Singapore Grouper Iridovirus-Encoded MicroRNAs Expressed in Grouper Cells by Solexa Sequencing. PloS ONE. 2011. 6(4): e19148）。
虹彩病毒（iridovirus）是一類廣泛感染無脊椎和低等水生脊椎動物的大分子DNA病毒，對海洋野生動物種群和海水養(yǎng)殖動物造成極大威脅。石斑魚虹彩病毒（Singapore grouper iridovirus, SGIV）是該團隊從海水養(yǎng)殖石斑魚體中分離出的一種新的高致病性虹彩病毒，是中國和東南亞海水養(yǎng)殖魚類最重要的病毒性病原之一。然而，目前對SGIV感染致病的分子機理尚不十分清楚，缺乏有效的防治手段。
病毒編碼的miRNA研究方興未艾，因其長度較短、沒有免疫原性等特點而成為治療疾病的新型靶點。團隊為揭示SGIV在其感染過程中是否編碼miRNA，將感染了SGIV不同時期的石斑魚胚胎細胞混合后構(gòu)建小RNA庫，進行Illumina/Solexa RNA深度測序。通過一系列生物信息學(xué)分析，最終確定16條SGIV編碼的miRNA序列，其中一條與2型單純皰疹病毒編碼的miR-H4-5p具有高度同源性，提示miRNA在遠緣病毒種中具有一定的保守性。這16個新發(fā)現(xiàn)的miRNA散在分布于SGIV基因組中，其中三個定位于ORF057L。同時發(fā)現(xiàn)SGIV編碼的miRNA在其3' 端或5' 端存在序列或長度的異質(zhì)性，可能會影響其與靶基因的識別。熒光定量PCR及熒光素酶報告基因分析了這16個miRNA的表達水平和潛在的生物學(xué)活性，證實其中11個miRNA確實存在于SGIV感染的石斑魚胚胎細胞中，并發(fā)揮生物學(xué)功能。
以前只有人類和哺乳動物編碼miRNA的研究報道，其中報道較多的為皰疹病毒科的各成員。該研究首次在國際上證實了海洋病毒也可以編碼功能性miRNA，將miRNA研究推向了一個新的層次。
該項研究受到國家杰出青年基金、國家重點基礎(chǔ)研究計劃（“973”計劃）和中科院知識創(chuàng)新工程重要方向項目資助。 |
